華中農業大學信息學院生物信息研究生導師：楊慶勇

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姓名：楊慶勇

性別：男

職稱：副教授

學位：博士

郵箱：yqy@mail.hzau.edu.cn

工作單位：

華中農業大學信息學院

研究方向：

生物信息學；基因組學；系統遺傳學

教育經歷：

2007.9 - 2012.6，華中農業大學，作物生物技術，博士。

2003.9 - 2007.6，華中農業大學，生物技術（雙學位），學士。

2003.9 - 2007.6，華中農業大學，農村區域發展，學士。

主要職歷：

2016.12 - 至今，華中農業大學，信息學院，副教授，碩士生/博士生導師

2015.3 – 2016.12，華中農業大學，信息學院，副教授，碩士生導師

2012.7 - 2015.3，華中農業大學，生命科學技術學院，博士后

科研成果：

主持或參加科研項目及人才計劃項目情況

1、國家重點基礎研究發展計劃（973計劃），2015CB250100，油菜高產油量形成的分子生物學機制--高含油量油菜種胚油脂優勢積累的代謝特點和分子基礎（子課題4），2015/01-2019/12，208萬元，在研，參加。

2、中國博士后科學基金會特別資助項目，2014T70710，結合連鎖和關聯分析解析油菜高油酸性狀的遺傳基礎，2014/06-2015/06，15萬元，在研，主持。

3、國家自然科學基金青年科學基金項目，31301005，基于SNP芯片和重測序技術鑒定油菜中新的高油酸位點及其候選基因，項目編號： 2014/01-2016/12，25萬元，在研，主持。

4、國家自然科學基金青年科學基金項目，31301091，基于三維結構信息預測蛋白質相互作用及其位點的計算研究，2014/01-2016/12，22萬元，在研，參加。

5、國家自然科學基金面上項目，31371659，油菜粒重基因的圖位克隆和功能分析，2014/01-2017/12，72萬元，在研，參加。

代表性論文（*通訊作者，#并列第一作者）

1. Tao JF, Zhou JZ, Xie T, Wang XT, Yang QY *, Zhang HY. Influence of chromatin 3D organization on structural variations of the Arabidopsis thaliana genome. Mol Plant. 2016 Oct. pii: S1674-2052(16)30224-6. doi:10.1016/j.molp.2016.09.015.

2. Xie T#, Yang QY#, Wang XT, McLysaght A *, Zhang HY *. Spatial colocalization of human ohnolog pairs acts to maintain dosage-balance. Mol Biol Evol. 2016 Sep;33(9):2368-75. doi: 10.1093/molbev/msw108.

3. Xie T#, Zheng J#, Liu S, Peng C, Zhou Y,Yang Q *, Zhang H. De novo plant genome assembly based on chromatin interactions: A case study ofArabidopsis thaliana. Mol Plant. 2015 Mar 2; 8(3):489-492. doi: 10.1016/j.molp.2014.12.015.

4.Yang Q, Fan C, Guo Z, Qin J, Wu J, Li Q, Fu T, Zhou Y *. Identification ofFAD2andFAD3genes inBrassica napusgenome and development of allele-specific markers for high oleic and low linolenic acid contents. Theor Appl Genet. 2012 Aug; 125(4):715-29. doi: 10.1007/s00122-012-1863-1. Epub 2012 Apr 26.

5. Cai G#,Yang Q#, Yi B, Fan C, Edwards D, Batley J, Zhou Y *. A complex recombination pattern in the genome of allotetraploidBrassica napusas revealed by a high-density genetic map. PLoS One. 2014 Oct 30; 9(10):e109910. doi: 10.1371/journal.pone.0109910.

6. Liu H#,Yang Q#, Fan C*, Li Y, Wang X, Zhou Y *. Transcriptomic basis of functional difference and coordination between seeds and the silique wall ofBrassica napusduring the seed-filling stage. Plant Sci. 2015 Apr; 233:186-99.doi: 10.1016/j.plantsci.2015.01.015.

7. Cai G#,Yang Q#, Yi B, Fan C, Zhang C, Edwards D, Batley J, Zhou Y *. A novel bi-filtering method for processing of SNP data improves the quality of genetic map and accuracy of QTL mapping in polyploidBrassica napus. BMC Genomic. 2015; 16(1):409.

8. Xie T#, Fu L#,Yang Q#, Xiong H#, Ma B*, Zhang H *, Xu H. Spatial features forEscherichia coligenome organization. BMC Genomic. 2015 Feb 5; 16(1):37.

9. Wang M, Tu L, Lin M,, Lin Z, Wang P,Yang Q, Ye Z, Shen C, Li J, Zhang L, Zhou X, Nie X, Li Z, Guo K, Ma Y, Huang C, Jin S, Zhu L, Yang X, Min L, Yuan D, Zhang Q, Lindsey K *, Zhang X *, Asymmetric subgenome selection and cis-regulatory divergence during cotton domestication. Nat Genet 2017; 49(4), 579–587, doi:10.1038/ng.3807

11. Cai G,Yang Q, Chen H, Yang Q, Zhang C, Fan C, Zhou Y *. Genetic dissection of plant architecture and yield-related traits in Brassica napus. Sci Rep. 2016 Feb; 16;6:21625. doi: 10.1038/srep21625.

12. Fan C, Wu Y,Yang Q, Yang Y, Meng Q, Zhang K, Li J, Wang J, Zhou Y *. A Novel Single-Nucleotide Mutation in a CLAVATA3 Gene Homolog Controls a Multilocular Silique Trait in Brassica rapa L. Mol Plant. 2014 Dec 7(12):1788-92. doi: 10.1093/mp/ssu090.

13. Hua Y, Zhou T, Ding G,Yang Q, Shi L, Xu F *. Physiological, genomic and transcriptional diversity in responses to boron deficiency in rapeseed genotypes.J Exp Bot. 2016 Oct;67(19):5769-5784.

14. Li Q, Yin M, Li Y, Fan C,Yang Q, Wu J, Zhang C, Wang H, Zhou Y *. Expression of Brassica napus TTG2, a regulator of trichome development, increases plant sensitivity to salt stress by suppressing the expression of auxin biosynthesis genes. J Exp Bot. 2015 Sep;66(19):5821-36.

15. 陶婧芬#, 謝婷#, 鄭覺非, 楊慶勇 *, 張紅雨 *. 基于染色質交互數據的基因組組裝方法 生物技術通報, 2015, 31(11): 43-50. （約稿綜述）